防止或控制水垢的方法有化學方法和物理方法。

國內已使用的物理方法有磁化處理及靜電處理。目前物理方法多應用在單臺設備或小型水系統中，其技術尚待掌握。對于中大型循環冷卻水系統來說，采用化學方法處理較成熟、經濟和有效。因最常見的水垢是碳酸鈣，所以各種方法的重點是解決碳酸鈣沉積問題。

以下是常采用的化學方法。

1、除去部分成垢離子。碳酸鈣水垢的成垢離子是鈣及碳酸根（由碳酸氫根轉化來）離子。在補充水中鈣離子及堿度較高時，可在預處理工序中除去部分硬度和堿度，即采用軟化補充水。軟化水的成垢離子較低，有利于提高循環水的濃縮倍數。常用的軟化方法有離子交換法及石灰軟化法兩種。

2、加酸或二氧化碳，降低循環水的pH值，穩定碳酸氫鹽。

3、在循環水加入少量阻垢劑，破壞碳酸鈣等成垢鹽類的結晶生長，防止水垢沉積。