有機物在反滲透膜/納濾膜表面上的吸附會引起膜通量的損失，特別嚴重的情況下會出現不可逆的通量損失。當高分子量的有機物是憎水性的或帶正電荷時，這種吸附過程更易進行；當pH>9時，膜表面及有機物均呈負電荷，因而，高pH值將有利于防止有機 物污染。但以乳化態出現的有機物會在膜表面形成有機污染薄層，引發嚴重的膜性能衰減，必須在預處理部分除去。

在天然水體中存在的有機物主要為腐植酸類物質，其以TOC含量計通常在0.5至20mg/L,當TOC超過3mg/L時，預處理 部分應作專門的脫除有機物的考慮，腐植酸物質可以采用含氫氧根類絮凝劑的絮凝過程、超濾或活性炭吸附等方法除去，請 參閱關于預防膠體和顆粒類污堵方面的信息。

當進入RO/NF的進水中油(碳氫化合物或硅基類)和油脂含量超過0.1mg/L時，必須采用絮凝或活性炭過濾。這些有機物質 會隨時吸附到膜表面上，然而，如果由此引起的通量值下降不超過15%時，它們能被堿性的清洗劑清洗掉。

在廢水處理應用中，脫除和濃縮有機物是主要目標，有機物含量即使在百分數范圍內仍可以進行處理，這要取決于有機 物的種類，而且需要針對每一個具體的對象進行現場試驗。請參閱估計有機物和其它化合物脫除特性的單獨資訊。