膜系統設計的最大影響因素是原水的潛在污染趨勢，原水中存在的顆粒和膠體會引起膜元件的污堵，并隨著進水的逐漸濃縮而累積在反滲透膜表面，預處理后的產水其淤積密度指數（SDI,又稱污堵指數）與水中上述殘留污堵物質的含量有相當好的對應關系，膜表面這些污堵物的濃度與膜系統的通量和回收率成正比，通量設計得越高的系統，將會出現更快速的污堵并需要更頻繁的化學清洗措施。

設計膜系統時應該保證系統內每支膜元件都在推薦的運行范圍內，以便減少污堵，杜絕膜元件的機械損壞，膜元件的運行條件范圍包括：膜元件的最高回收率、最大通量、最小濃水流量和最高進水流量，原水潛在污染越高，就應該越嚴格執行上述運行參數。

整個膜元件平均通量與系統內膜元件的總有效膜面積有關，是設計的特征參數，便于設計者快速的估算出某一新系統所需膜元件的數量，原水水質好可以采用較高的設計通量而原水水質差則應該采用較低的設計通量，當然，即使是在同一類的水質條件下，關注重點在初期投資的話，可以選擇較高的設計通量值，而關注長期運行成本的話，應該盡量選擇較低的設計通量值，設計導則中所列的通量值及其范圍，是絕大多數系統設計時所選的典型取值，但并不代表不能超過該范圍。

這些設計導則中的建議參數是基于設計考慮周全、運行管理良好、每年進行4次化學清洗且為連續運行模式這樣的假設，如果超過所建議的參數極限將會產生更頻繁的化學清洗，產水量會快速下降，進水壓力會增加，膜的壽命會縮短，進而增加系統的故障率和運行成本。只要最大壓差和最高壓力不超過極限，短時間內稍微超極限一點運行是可以接受的，反之， 較高的估計發生污堵的可能性，即選擇了保守的設計方式，就會獲得長久無故障運行和更長膜壽命的效果。系統設計者應根據項目特點進行設計優化，在設計之前必須充分收集原水水質分析報告等系統設計資料，資料越齊全，系統的設計就越有針 對性，也就越能滿足用戶的需要。