雖然反滲透膜系統是按連續運行作為設計基準的，但在實際操作中，總會有一定頻度的開機和停機。當膜系統停機時，必須用其產水或經過預處理合格的水進行低壓沖洗，從膜元件中置換掉高濃度但含阻垢劑的濃水。還應采取措施預防系統內水漏掉而引入空氣，因為元件失水干掉的話，可能會產生不可逆的產水通量損失。如果停機小于24小時，則無需采取預防微生物滋生的措施。但停機時間超過上述規定，應采用保護液作系統保存或定時沖洗膜系統。

反滲透膜系統在啟動和停止運行時應注意的事項：

(1) 反滲透系統起動和停止時，流量和壓力會有波動。過大流量和壓力波動可能會導致反滲透膜元件破裂。所以在起動和停止操作時需緩慢增加或降低壓力和流量。

(2) 原水中的殘留余氯。反滲透設備的原水中殘留余氯會破壞膜元件的分離皮層，所以必須要在反滲透設備的原水中用SBS來中和，降低余氯對膜元件的分離皮層的破壞，原水中的殘留余氯必須為0mg/L時反滲透設備才能運行。

(3) 產水側壓力(背壓)。反滲透設備的產水側壓力高于原水側壓力0.05MPa以上時，反滲透設備中的膜片會受到物理性損傷。背壓通常發生在反滲透設備閥門開閉的瞬間。例如，反滲透系統停止運行時，關閉原水泵前，產水側閥門還在關閉狀態時通常會發生背壓現象。充分確認反滲透設備閥門的開和關及壓力的變動，保證反滲透設備運行過程杜絕背壓現象發生。產水管道若高于膜堆中最下部膜殼5米以上時，反滲透系統停止時產水側的靜壓頭(0.05MPa)會從產水側施力給原水側。即發生背壓現象，導致反滲透膜受到傷害。因此務必要注意原水管道是否高于產水管道，同時要注意產水管道在膜殼上部的高度。