為了防止反滲透膜元件在長期的保存、運輸或系統停運期間產生微生物生長和在后續操作中性能的變化，膜元件應當采取恰當的處理與保存方法。

新膜元件：

（1）膜元件在出廠前都經過了通水測試，并使用1%的亞硫酸鈉溶液進行儲藏處理，然后用氧氣隔絕真空包裝；

（2）膜元件必須一直保持在濕潤狀態。即使是在為了確認同意包裝的數量而需暫時打開時，也必須是在不損壞塑料袋的狀態下進行，此狀態應保存到使用時為止；

（3）膜元件最好保存在5~10℃的低溫下。在溫度超過10℃的環境中保存時要選擇通風良好的場所，并且避免陽光直射，保存溫度不要超過35℃；

（4）膜元件如果發生凍結就會發生物理破損，所以要采取保存措施，不要使之凍結；

（5）堆放膜元件時，包裝箱不要超過5層，并要確保紙箱保持干燥。

使用過的膜元件：

（1）膜元件必須一直保持在陰暗的場所，保存溫度不要超過35℃，并且要避免陽光直射；

（2）溫度在0℃以下時會有凍結的風險，所以要采取防凍結措施；

（3）為了防止膜元件在短期儲藏、運輸以及系統待機時微生物的滋長，需要用純水或反滲透產水配置濃度500~1,000ppm、pH3~6的亞硫酸鈉（食品級）保護液浸泡元件。通常，采用Na2S2O5，它與水反應生成亞硫酸氫鹽：Na2S2O5+H2O—2NaHSO3

（4）將膜元件放在保存溶液中浸泡大約1小時后，將膜元件從溶液中取出，并包裝在氧隔離袋中，將袋子密封并貼上標簽，標明包裝日期；

（5）需要保存的膜元件進行重新包裝之后，保存條件與新的膜元件的一致。

（6）保存液的濃度及pH都要保持在上述范圍，需要定期檢查，如果可能發生偏離上述范圍時，要再次調制保存液；

（7）無論在何種情況下進行保存時，都不能使膜處于干燥狀態。

（8）另外也可以采用濃度（質量百分比濃度）為0.2~0.3%甲醛溶液作為保存溶液。甲醛是比亞硫酸氫鈉更強的微生物殺傷劑，并且成分中不含有氧。